A 2013-ig tartó programozási időszakban a projekthez akkor igényelhető többlettámogatás, ha azt jogszabály megengedi, ha vis maior következett be, továbbá akkor is, ha az áfa kulcsa nőtt, és a támogatott nem vonhatja le a forgalmi adót, ezért bruttó módon tervezte a projektet. Az operatív programokra akkor lehet többlettámogatást vállalni, ha azt a költségvetési törvény megengedi. Az eljárás rendjét a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség alakítja ki a fejlesztéspolitikáért, illetve az államháztartásért felelős miniszter bevonásával.

A közbeszerzéseket gyorsítják fel azok az új szabályok, amelyek a kijelölt hitelesítésért felelős szervezet jogait terjesztik ki. Ez a szervezet minden közbeszerzést még a megjelenése előtt ellenőriz, és megfigyelőt jelöl ki az eljárás további szakaszára. Eredményt csak akkor hirdethet az ajánlatkérő, ha a hitelesítő szervezet tanúsítja a közbeszerzés szabályosságát. A hitelesítővel azonos jogok illetik meg az NFÜ-t is. Az ellenőrzésről is több új szabály található a rendeletben. A 200 ezer euró alatti támogatású projektrészt egyszer, az ettől nagyobbat kétszer kell ellenőriznie a helyszínen a hitelesítő szervezetnek. Az új szabályok vasárnaptól hatályosak, és azokat a folyamatban lévő ügyekben is alkalmazni kell.